San Marcelino is politically subdivided into 18 barangays.
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• Aglao
• Buhawen
• Burgos (Poblacion)
• Central
• Consuelo Norte
• Consuelo Sur (Poblacion)
• La Paz (Poblacion)
• Laoag
• Linasin
• Linusungan
• Lucero (Poblacion)
• Nagbunga
• Rabanes
• Rizal (Poblacion)
• San Guillermo (Poblacion)
• San Isidro (Poblacion)
• San Rafael
• Santa Fe